- Lagu ini telah ditafsirkan tentang masalah di Irlandia Utara, tetapi Dave Mustaine telah mengindikasikan bahwa lagu tersebut adalah tentang Israel (ibu Mustaine adalah Yahudi meskipun dia Kristen). Dalam sebuah wawancara dengan Rock Detector, Mustaine berkata: 'Holy Wars' tidak berbicara tentang tempat tertentu dalam waktu. Itu tidak berbicara tentang negara mana pun. Itu hanya mengatakan, 'Jangan melihat sekarang ke Israel itu mungkin tanah air ANDA.''
Di Radio Nasional Israel, Mustaine berkata: 'Saya telah menyebut Israel dalam lagu-lagu sebelumnya, di 'Perang Suci'. Perang suci tidak harus dimulai di Israel. Itu bisa di mana saja. Ada begitu banyak perang suci yang terjadi di dunia saat ini. Orang-orang mati karena suatu alasan. Ini sangat sulit dipercaya. - Mustaine telah menjelaskan bahwa paruh kedua lagu tersebut terinspirasi oleh buku komik Penghukum , yang dia sukai (lagu Megadeth ' Killing Is My Business…and Business is Good ,' adalah tentang Penghukum ). Adapun bagian pertama, ia menjelaskan saat pertama kali merilis album itu tentang sebuah pengalaman yang terjadi di Irlandia. Kata Mustaine: 'Saya telah menemukan bahwa IRA tampaknya tidak menentang Inggris seperti yang diberitahukan kepada saya. Namun cara yang dijelaskan kepada saya sangat dipermudah. Jadi, saya menembak mulut saya saat berada di sana, berkata, 'Yang ini untuk penyebabnya! Anarki di Irlandia! Kembalikan Irlandia ke Irlandia!' Saya menangkap banyak kekurangan dari pers Inggris, dan saya menangkap banyak dari Irlandia... dan seperti saya memberikan f--k untuk IRA!'
